En 1865-1868 Venancio Flores asumió como Gobernador Provisorio. Fue un gobierno contemporizador en las relaciones entre los partidos políticos cada vez más presentes en la vida nacional, restableció el tratado de Límites de 1851 con Brasil y su periodo se caracterizó por la prosperidad económica y financiera, y un auge en la inmigración pasando de 223.238 habitantes en 1860 a 384.259 en 1868. Berro, por su parte, Presidente Constitucional (1960-1964) fue un antecedente valioso al fortalecer la institucionalidad del Uruguay, la educación cívica del pueblo a través de la enseñanza teórica, la defensa de los derechos soberanos del país ante la pretensión extranjera y la afirmación del Estado como entidad libre e independiente. Pasos en la dirección correcta para la consolidación institucional del Uruguay.
El 1° de marzo de 1868, la Asamblea General nombró al general Lorenzo Batlle (1868-1872) como nuevo Presidente del Uruguay. La oportunidad no le fue propicia porque debió soportar una crisis económica y el ascenso del caudillismo regional representado por Timoteo Aparicio y su Revolución de las Lanzas de 1870. Incorporado el Uruguay al mercado internacional por las exportaciones de cuero, tasajo y lana, fue afectado por la crisis financiera internacional originada en Londres en 1866. A este elemento exógeno se le sumó una crisis bancaria, el descenso de la producción pecuaria, la banca rota de la administración del Estado, la guerra civil, la sequía y la epidemia de cólera. Sin embargo, con la paz del 6 de abril de 1872 se puso fin a la Revolución de las Lanzas y por primera vez, los partidos políticos inauguraron el principio de la coparticipación en el poder. En el escenario político se afirmaban los principios de la democracia liberal moderna basados en el respeto por las minorías, una forma de civilidad que benefició la convivencia democrática de los uruguayos.
Una generación de brillantes jóvenes universitarios influenciados por el racionalismo y el romanticismo europeo irrumpieron en la escena política. El idealismo de su propuesta no condecía con el necesario pragmatismo marcado por la realidad del país. El principista José Ellauri, nuevo Presidente Constitucional (1872-1875) debió enfrentar una crisis económica y cierta violencia política entre blancos y colorados. Su renuncia implicó un vacío de poder sin ser superado por Pedro Varela, Presidente del Senado. En marzo de 1876 un conjunto de ciudadano se manifestó a favor de Lorenzo Latorre, Ministro de Guerra y Marina de entonces, demandándole que asuma el Gobierno de la República como Gobernador Provisorio.
La insostenible situación política y económica reclamaba la presencia de un gobierno que impusiera el orden ante la perturbadora influencia de las fracciones políticas y la lentitud e ineficacia de los procesos judiciales. A lo que se agregaba la situación de la campaña, allí donde la delincuencia se hacía fuerte por la arbitrariedad e inoperancia de la policía. Latorre sin más sustituyó a los partidos políticos, logró el apoyo de valiosas personalidades del ámbito civil (José Pedro Varela es un ejemplo con la reforma de la educación). El Gobernador Provisorio fue duramente criticado por su manera de conducir el combate a la delincuencia; sin embargo, mantuvo la plena integración y funcionamiento de la justicia.
La modernización en Uruguay fue un proceso transformador que implicó cambios económicos, sociales, políticos y culturales. Iniciados con el gobierno de Latorre logró una beneficiosa continuidad que se extendió hasta 1903. Con Latorre el Estado logró la eficacia necesaria para hacer sentir el peso de la ley y el imperio del orden en todo el país. La campaña se hizo habitable, las comunicaciones mejoraron, se arraigó el principio de autoridad, la ciudad-puerto se acercó a la producción y el país se integró con mejores condiciones al mercado internacional.
Con el teniente general Máximo Santos, Presidente de la República de 1880 a 1886, el llamado periodo militarista tuvo algunos aspectos favorables a la modernización y, además, decisiones que fortalecieron aspectos de la identidad nacional con la reivindicación histórica de la figura de José Artigas. Una contribución al imaginario nacional fue complementado por la poesía de Juan Zorrilla de San Martín, la excelencia de las pinturas históricas de Juan Manuel Blanes y las folklóricas novelas de Eduardo Acevedo Díaz (Lanza y Sable, Ismael, Grito de Gloria).
Su sucesor, Máximo Tajes (1886-1890), buen conocedor de la realidad política facilitó la transición para un nuevo gobierno ejercido por civiles, representantes naturales de la ciudadanía. Blanco, Colorado y el partido Constitucional reorganizaron sus instituciones con estatutos y programas preparándose para asumir la conducción del gobierno. Fue un período de auge económico y financiero. La red ferroviaria se extendió por todo el país, la telegrafía y telefonía allanaron las comunicaciones imprimiendo una dinámica beneficiosa. La política proteccionista iniciada en 1875 con Latorre permitió el desarrollo de la industria, el acceso al mercado brasileño del tasajo uruguayo y la intensificación de las relaciones internacionales cimentaron el reconocimiento de Uruguay como país soberano.
Con las Presidencias de Julio Herrera y Obes (1890-1894) y Juan Idiarte Borba (1894-1897) y Juan Lindolfo Cuestas (1898-1903) quedó atrás la impronta del militarismo y surgió el dominio del patriciado ilustrado, una élite política que logró disminuir la influencia del caudillismo y proclamó los principios del republicanismo, constitucionalismo, civilismo y liberalismo. Auto considerados como los únicos dirigentes capaces de lograr el desarrollo del país, el partido colorado ejerció el poder con la práctica de una forma de gobierno denominada de “influencia directriz” iniciada por Julio Herrera y Obes.. Ante su influencia y los factores de la modernización operada, el Uruguay vivió una serie de transformaciones caracterizadas por el incremento de la inmigración, la aparición cada vez más extendida de la clase media y el beneficio que otorgaba en el desarrollo humano la educación obligatoria.
Sin embargo en los inicios de la década de 1890, una nueva crisis financiera, un descenso pronunciado del stock ganadero debido a condiciones climatéricas adversas, la caída de los precios internacionales de cueros, tasajo y gorduras y la pérdida del mercado de Brasil por la política proteccionista de su gobierno comprometieron las finanzas del Estado e incrementaron su endeudamiento. Juan Idiarte Borda, sucesor de Julio Herrera y Obes creó en 1896 el Banco República y paulatinamente fue concretando obras públicas encausando al país por el progreso material. En 1897, una vez más, las desavenencias partidarias desembocaron en una nueva guerra civil. Aparicio Saravia, caudillo del interior blanco, se alzó en armas manifestando el descontento de la campaña frente a la concentración del poder de los colorados y en defensa de la sociedad rural dominada por el pobrerío y la desocupación. Juan Lindolfo Cuestas (1898-1903), sucesor de Idiarte Borda en la Presidencia, logró firmar la paz finalizando un periodo de cruenta lucha civil. El “Pacto de la Cruz” aumentó la participación del Partido Nacional en el poder.
En 1903, con el ascenso de José Batlle y Ordoñez al poder, el Uruguay de la modernización culminaba su itinerario y se inauguraba un nuevo periodo histórico contemporáneo reconocido como de consolidación institucional e importantes logros sociales, políticos, económicos y culturales.
