El Uruguay independiente estaba desolado, debía construirse a partir de veinte años de guerra cruenta con apenas 74.000 habitantes, sin fronteras jurídicas establecidas, una escasa y elemental explotación de sus riquezas, una educación sin estructura institucional y de poca proyección, la salud centrada en el Hospital de Caridad y médicos particulares, una economía basada en la exportación de carne salada y un particular enclave geográfico entre dos potencias dispuestas a ejercer su influencia. Sin embargo, contaba ya con una definida vocación de erigirse como una nación independiente producto de una tradición construida en base al sacrificio y el esfuerzo de sus naturales.
Fructuoso Rivera primer Presidente Constitucional, representaba en plenitud la matriz hispánica del caudillo. Apegado a la campaña, ejerció el poder desde San Pedro de Durazno dejando espacio para que sus ministros y aliados parlamentarios se encargaran de la mayor parte de la gestión de gobierno. En su administración se realizaron intensas tratativas por la cuestión de límites, fomentaron la inmigración ante la falta de labradores, artesanos, maestros y profesionales e inauguraron una primera casa de estudios universitarios. Sin embargo obtuvieron un resultado negativo en el aspecto económico financiero. Manuel Oribe un partidario del orden y la buena administración lo sucedió en la primera magistratura y pronto, un año y medio después de su asunción, en julio de 1836, debió enfrentar la sublevación de Rivera. La guerra civil, una fórmula de entonces para dirimir las cuestiones políticas dio origen -en la batalla de Carpintería- al nacimiento de las divisas blanca y colorada, más tarde consolidados como partidos políticos tradicionales. Manuel Oribe y Fructuoso Rivera fueron, respectivamente, sus líderes naturales.
A la antigua dicotomía regional de unitarios y federales, se sumaba ahora, la tendencia nacionalista y americanista en Oribe mientras que a Rivera se le identificaba con las ideas liberales y europeizantes. Oribe debió renunciar a su cargo de Presidente y emigró a Buenos Aires. El gobernador federal de la Provincia de Buenos Aires Juan Manuel de Rosas respaldó a Oribe en tanto que Rivera cumplió el compromiso contraído con los unitarios argentinos declarándole la guerra. La Guerra Grande (1839-1852) fue un conflicto a nivel nacional, regional e internacional. Francia e Inglaterra intervinieron en el enfrentamiento como consecuencia de la expansión industrial europea en búsqueda de los mercados emergentes. Por la pesada herencia de su origen común, argentinos y uruguayos sentían la necesidad de configurar definitivamente sus nacionalidades.
El 1° de marzo de 1839, la Asamblea General eligió a Rivera como nuevo Presidente Constitucional con un plan de gobierno destinado a lograr la estabilidad institucional y liberarse de la influencia de sus aliados europeos, impulsores de una guerra internacional. Luego de cruentos enfrentamientos bélicos, la guerra se trasladó a territorio uruguayo y en febrero de 1843, Oribe, apoyado por Rosas y designado Jefe Del Ejército de la Confederación Argentina logró poner sitio a la ciudad de Montevideo. Las autoridades de la ciudad organizaron un gobierno para la defensa en la cual participaron unitarios argentinos emigrados. La presencia de una flota franco inglesa en el puerto de Montevideo le aseguraba el apoyo necesario para resistir el sitio. Rivera, además, contaba con el apoyo de las provincias de Entre Ríos, Santa Fe y Corrientes, una liga opositora al federalismo de Juan Manuel de Rosas
Montevideo se transformó en una ciudad cosmopolita donde la mayoría de la población era extranjera, especialmente la presencia de unitarios argentinos, franceses, ingleses, vascos, italianos. Establecido en el Cerrito, Manuel Oribe, reconocido por Rosas como la autoridad legítima de Uruguay, organizó un gobierno responsable de administrar el territorio bajo su jurisdicción. Una flota franco-inglesa estableció un bloqueo a Buenos Aires desencadenando una contienda naval. Las potencias europeas involucradas lograron de hecho una apertura del río Paraná y reclamaron la internacionalidad de esta vía fluvial. La decidida oposición de Rosas en defensa de la jurisdicción sobre los ríos interiores le valió el reconocimiento como un americano que resistió la injerencia de potencias extranjeras.
Esta larga guerra, de incontables acontecimientos bélicos, políticos, diplomáticos, económicos y hasta culturales no minó la voluntad de los orientales en lograr la paz, no era el odio lo que los motivaba. Rosas logra un acuerdo con las autoridades extranjeras en noviembre de 1949, lo que representó un éxito para la provincia de Buenos Aires. El bloqueo a la ciudad fue levantado, se concretó el retiro de las fuerzas argentinas y de la Legión Extranjera del Uruguay. Inglaterra y más tarde Francia, de acuerdo a los términos de un Tratado, reconocieron a la Argentina como país independiente y el Paraná como río interior. Dos años más tarde, el general Justo José de Urquiza, opositor federal de Rosas y con la anuencia del Gobierno de la Defensa ingresó con un ejército al Uruguay. Predominaba en el espíritu de todos los beligerantes la necesidad de lograr la paz. Fue en ese sentido que Urquiza logró acordar con Manuel Oribe las condiciones para lograrla. El 8 de octubre de 1851 se firma el conocido pacto, donde se rescata la mejor idea para cerrar tantas heridas: “No habrá vencidos ni vencedores. El 3 de febrero de 1852, en la batalla de Monte Caseros, Juan José de Urquiza derrota a Juan Manuel de Rosas y de esta forma culmina un aciago período de la historia argentina.
La Guerra Grande fue una transición dolorosa y ejemplarizante. La ganadería y la industria saladeril arruinada, el Estado endeudado, un descenso de la población, pobreza en el medio rural y la amenaza que representaba la tutela del Imperio de Brasil. Quedó demostrado que para consolidar un país independiente era necesario cimentar la institucionalidad, el compromiso de los partidos tradicionales como la única garantía de paz, poblarlo una vez recuperada la paz, ordenar la propiedad rural, incrementar la riqueza ganadera, restituir la mano de obra rural diezmada por su participación en la guerra, diversificar la exportación con el ovino que generosamente se reproducía, fomentar la agricultura y la granja e incorporar la tecnología que con el advenimiento de la máquina de vapor permitía industrializar la producción.
Las sucesivas Oresidencias de Juan Francisco Giró, Gabriel Pereira y Bernardo Berro operaron bajo el consenso de la “Política de Fusión”, un período que abarco los años 1852-1865. La conmoción provocada por la guerra guió a los intelectuales a condenar a las divisas partidarias y a los caudillos. Olvido del pasado, superación de las divisas y la unidad de todos los orientales eran las premisas promovida por los “doctores” frente a la figura persistente del caudillo, una definición que parecía expresar dos universos incompatibles: ciudad y campaña. Andrés Lamas, en su “Manifiesto” de 1855, fue quien más enfáticamente condenó a las divisas creadas por los caudillos porque “representan la desgracia del país, las ruinas que nos cercan, la miseria y el luto de las familias […] el descrédito del país, la bancarrota…”
La realidad iba a demostrar que la naturaleza humana no puede razonar por el absoluto puesto que el caudillo también representaba una parte del ser nacional. Algunos militares y civiles colorados enfrentaron al Presidente Giró quien debió renunciar dando lugar a que el general Venancio Flores lograra integrar un Triunvirato junto a Rivera y Lavalleja. Durante el gobierno de Gabriel Pereira su pretensión de establecer un partido único que eliminara las divisas blanca y colorada provocó el levantamiento del Partido Conservador y el conocido episodio de Quinteros de 1858. Bernardo Berro, en su gobierno cometió el error de decretar la extinción de las divisas, una decisión inadaptable a la realidad política del momento.
Venancio Flores inició, en 1863 una revolución con la finalidad de deponer a Berro y su gobierno. Apoyado por Argentina y militarmente por Brasil conquistó Paysandú defendida épicamente por Leandro Gómez. En 1865, representando al partido colorado fue designado Gobernador Provisorio. Más tarde, el 19 de febrero de 1868 fueros asesinados Venancio Flores y Bernardo Berro, marcando el fin de un periodo histórico que lo caracterizó la llamada Política de Fusión (1852-1865). Bueno es recordar que junto a estos acontecimientos, la Guerra de la Triple Alianza (1864-1870) transitaba hacia un devastador desenlace para el pueblo paraguayo.