En febrero de 1973, Juan María Bordaberry sin el apoyo de las fuerzas políticas que lo respaldaban y sin respuesta ante el llamado a la ciudadanía a defender las instituciones se vio obligado a ceder (acuerdo de Boiso Lanza) ante las exigencias de las fuerzas armadas (comunicados 4 y 7). Más tarde, el 27 de junio de 1973 decretó la disolución de ambas cámaras ante la negativa del Senado de otorgar el desafuero de Enrique Erro, legislador del Frente Amplio, acusado de colaborar con las actividades del Movimiento de Liberación Nacional. Se confirmaba así el protagonismo de las Fuerzas Armadas ocupando un espacio de poder porque “por primera vez los partidos perdían la centralidad en el sistema político: dejaban de ser lo ´motores-cerebro´ de los itinerarios más trascendentes, se debilitaban su integración sistémica y su relación de predominio relativos sobre los otros subsistemas, se veía comprometida la honda implantación de sus convocatorias y lealtades”.
En junio de 1976, Bordaberry fue destituido luego que las Fuerzas Armadas no aprobaran su proyecto fundacional basado en prescindir de los partidos políticos y sustituirlos de “corrientes de opinión pública espontáneas”. En julio de 1976, el Consejo de la Nación, nueva institución creada para legislar, designó a Aparicio Méndez (1976-1981) nuevo Presidente de la República. Esta nueva etapa pondría en ejecución un “ensayo fundacional” en el que habría lugar para los partidos políticos, normalmente recogidos en los llamados Actos Institucionales.
En el plano económico se realizó un conclave gubernamental en el Parque Hotel en donde se confirmó la línea económica liberal diseñada por el ministro Vegh Villegas. En otros actos institucionales se establecieron medidas para “sanear la administración pública” que implicó destituciones de funcionarios públicos y se suprimió la tradicional separación de poderes al considerar que el Poder Judicial dejaba de ser un poder del Estado. Asimismo, el 9 de agosto de 1976 el gobierno anunció la elaboración de un proyecto de nueva Constitución para 1980 y una convocatoria a elecciones en1981 en un proceso de “institucionalización gradual”.
En el plano de la política económica fue aprobado el Plan Nacional de Desarrollo 1973-1977, formulado en 1972 por la Oficina de Planeamiento y Presupuesto del gobierno anterior y ratificado por las nuevas autoridades. De corte liberal proponía una reformulación de las bases del funcionamiento económico del país encaminada a la transformación de las estructuras productivas, del comercio exterior, de la distribución del ingreso en un marco de apertura de la economía. A pesar de la crisis mundial del petróleo de 1973, se produjo un crecimiento del producto bruto, se incrementó el sector de servicios de la economía y una reestructura del comercio exterior. El auge económico tuvo un quiebre en 1980, una crisis en 1982 precipitó el regreso de Alejandro Vegh Villegas al Ministerio de Economía y Finanzas logrando controlar la inflación y el déficit fiscal.
El 30 de noviembre de 1980 fue rechazado por la ciudadanía el texto de la nueva Constitución (57,2 % por el No y 42 % por el Sí) propuesta por el gobierno cívico-militar. Fue la oportunidad para fortalecer algunas figuras políticas y una clara activación de los partidos. Las Fuerzas Armadas al convocar el plebiscito reconocían a la soberanía popular expresada en el voto como única forma de legitimación. La derrota plebiscitaria implicó para las Fuerzas Armadas suspender el Plan Político Básico e instrumentar un nuevo cronograma político que determinó una elección interna en los partidos para elegir a sus autoridades en 1982 y elecciones nacionales en 1984 para entregar el poder en marzo de 1985.
Un nuevo acto institucional permitió que el Teniente General Gregorio Álvarez fuera designado Presidente de la República para el periodo 1981-1985 por la Junta de Oficiales Generales. En noviembre de 1982 se realizaron las elecciones internas de los partidos lo que permitió su movilización interna y un reordenamiento de sus autoridades. La Comaspo (Comisión de Asuntos Políticos de alas Fuerzas Armadas) y los distintos representantes políticos fue el instrumento necesario para negociar la transición del poder y la normalización democrática. Luego de numerosas vicisitudes entre las cuales por divergencias el Partico Nacional retiró a sus representantes, las tratativas culminaron con el denominado “Pacto del Club Naval” firmado por el Partido Colorado, el Frente Amplio y la Unión Cívica.
En las elecciones de 1984, el Partido Nacional al tener proscrito a su líder natural Wilson Ferreira Aldunate, presentó dos fórmulas como candidatos a la Presidencia siendo el binomio Alberto Zumarán-Gonzalo Aguirre el más votado; el Partido Colorado a Julio M. Sanguinetti-Enrique Tarigo mientras que el Frente Amplio propuso a José Crottogini-José de Elía y la Unión Cívica a Juan Vicente Chiarino-Federico Slinger. El triunfo del Partido Colorado permitió que el 1° de marzo de 1985 asumiera Julio María Sanguinetti como Presidente de la República para el periodo 1985-1990. Culminaba así un proceso por el cual una crisis política y social de larga duración iniciada en la década de 1960 provocó la ruptura institucional y un ejercicio del poder ajeno al sistema político.